Ketika gadis-gadis muda telah menemukan kebenaran tentang nasib kejam seorang gadis penyihir, satu gadis penyihir setelah yang lain dihancurkan. Sepanjang itu semua, ada satu gadis penyihir yang terus bertarung sendirian – Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Bagian II: Eternal adalah menceritakan kembali bagian kedua serial anime TV.
